وی علوم دینی را در مدرسه طالبیه تبریز فراگرفت و در 15 سالگی برای کسب علم رهسپار تهران شد و در آنجا درس های زیادی از جمله متن رسائل و مکاسب را نزد استادانی چون آیت الله آقا شیخ محمدرضا تنکابنی و آقا میرزا مهدی آشتیانی بهره جست.
وی سه سال بعد به قم رفت و پس از تحصیل در مدرسه ی دارالشفا، جامه روحانیت بر تن کرد. علامه جعفری سپس راهی نجف شد و پس از 11سال مطالعه و کسب درجه اجتهاد به ایران بازگشت. وی پس از یک سال اقامت در مشهد به تهران آمد و تدریس در مدرسه مروی را آغاز کرد.
او در سال های دانش پژوهی خود از استادان میرزا حسن موسوی بجنوردی، شیخ کاظم شیرازی، سید عبدالهادی شیرازی، آیت الله سید ابوالقاسم خویی، سید جمال الدین گلپایگانی، سید محمد هادی میلانی، میرزا حسن موسوی بجنوردی، آیت الله شهیدی و سید محسن حکیم بهره برد.
این مولوی شناس معاصر با تفسیر مثنوی مقدمه ای برای شناخت و تفسیر کلام امام علی (ع) در کتاب نهج البلاغه نگاشت. وی که علاقه فراوانی به خاندان اهل بیت(ع) و امیر مومنان(ع) داشت، تفسیر و ترجمه نهج البلاغه را آغاز کرد و تا پایان عمر خود به این کار گسترده ادامه داد و آن را در 27 جلد منتشر ساخت.
علامه جعفری که با جهان بینی های شرق و غرب آشنایی داشت در تلاش بود تا کلام امام نخست شیعیان را با علم و استدلال خود به جهانیان بشناساند. او با تکیه بر علم خود متفکران و محققانی را از سراسر جهان به بحث فرا می خواند، گفتگوهایی که حدود 50 فقره از آنها در کتاب «تکاپوی اندیشه ها» در 2 جلد منتشر شده است.
این دانشمند فرزانه که سال های زیادی از عمر خود را به تعلیم و آموزش پرداخت، شاگردان زیادی تربیت کرد. عبدالرحیم گواهی، عبدالله نصری و حجت الاسلام محمدمهدی گرجیان از جمله این شاگردان هستند.
این عالم برجسته بیش از 100 اثر در حوزه های مختلف از خود به یادگار گذاشته است. جبر و اختیار، ارتباط انسان و جهان، ایده آل زندگی و زندگی ایده آل، بررسی و نقد برگزیده افکار راسل، زیبایی و هنر از دیدگاه اسلام و حکمت اصول سیاسی اسلام از آثار وی در زمینه فلسفه است.
طهارت اهل کتاب، ذبایح اهل کتاب، عدم انحصار زکات در موارد نه گانه، قاعده لاضرر و لاضرار، عرفان اسلامی، آیا شریعت طریقت و حقیقت با یکدیگر متفاوتند؟، نیایش امام حسین (ع) در صحرای عرفان، تفسیر و نقد و تحلیل مثنوی در 15 جلد، حضرت علی (ع) و عرفان، انسان در دیدگاه قرآن، مبدا اعلا، امام حسین (ع) شهید فرهنگ پیشرو انسانیت و علم از دیدگاه علی نیز از دیگر آثار و تالیف های علامه جعفری در حوزه های فقه، عرفان و معارف اسلامی است که بسیاری از اهل علم از آن بهره می برند.
سرانجام علامه آیت الله محمدتقی جعفری پس از عمری تلاش بی فقه در تحقیق، تدریس و تالیف در بیست و پنجم آبان 1377هجری خورشیدی بر اثر بیماری چشم از جهان فروبست.
